埃克特和莫齐利跟宾夕法尼亚大学分道扬镳后，组建了电子控制公司。他们先和美国人口普查局联系，提出自己的计划。两方几经商洽，决定由普查局出资，委托电子控制公司开发电脑。但埃克特和莫齐利不知，按美国有关法令，政府的公用部门不能和厂商签订科研开发合同，而普查局正属于此类部门。因此，公司的第一份合同眼看就要泡汤。
情急之下，他俩找到了美国国家标准计量局和陆军军械部，这两家是正儿八经的专业部门。他们给出一个方案：军械部出资30万美元，这笔钱打到人口普查局名下，然后转给标准计量局，由标准计量局出面和电子控制公司签开发合同，最后成果由三方共享。但还有个麻烦，按照法律，凡政府专业部门与商家开发项目时，必须有由专家组成的顾问组对项目进行论证；同时，为了严防政府部门与商家间有“猫腻”，任何项目都须公开招标。幸而当时没有别的电脑公司竞标，总算有惊无险。折腾大半年后，到1946年9月，合同正式签订。合同写明，事成之后，电子控制公司可拿到7．5万美元的酬金。
按照美国法律，上述合作项目，都是接到政府的订单后，公司自己投钱。等项目完成验收合格后，政府部门才付钱。埃克特和莫齐利刚从大学出来，两手空空，到哪去筹几十万美元！幸亏标准计量局了解两位大专家的苦衷，把整个项目分成几部分，让他们分阶段做，做完一段就结一次帐，尽量让电子控制公司少垫钱。第一阶段是拿出方案，做存储程序计算机。至于机器的名字，就叫“万用自动计算机”，简称“尤尼法克”。这时已是1947年5月3日。
建造工作开始后，埃克特和莫齐利开始作详细的预算。以前在学校里，钱随便花。现在是自己开公司，每笔帐都得算明白。他俩仔细一核计，不禁倒吸一口冷气，“尤尼法克”的总造价将高达40万美元！而合同上规定，造价是30万美元，工钱是7．5万美元。这样一来，电子控制公司，非但没挣钱，而且还要倒贴进去2．5万美元。事情已成定局，合同是白纸黑字。“尤尼法克”还没正式造，就注定要赔钱。埃克特和莫齐利没想到，自己的电脑公司开张后，第一桩买卖就要赔本。看来，只能另谋良策。
俗话说：东边不亮西边亮。这头亏了另头补。眼下要电脑的大客户有的是，何必吊在一棵树上呢？难道不可以把“尤尼法克”复制几台，卖给其他客户？这样，钱不就多赚些了？凭埃克特和莫齐利电脑元老的名声，不愁找不到新的买主。“电子控制公司”，是埃克特和莫齐利从大学出来后，为了表示另立门户临时取的名字，还没正式注册。现在，要进行规范的商业操作，必须把牌子亮出来，把手续办齐全。于是，在1948年12月，“电子控制公司”改名“埃克特－莫齐利电脑公司”，正式注册。莫齐利任董事长，负责商务、外联等经营事务；埃克特为副董事长和技术总监。聘请克鲁特为财务主管。世界上第一家真正的电脑公司正式开张。
埃克特和莫齐利的金字招牌果然奏效。著名的诺思鲁普飞机公司找上门来，要求做一台“二进位自动计算机”，简称“比尼亚克”。诺思鲁普飞机公司先付8万美元的开发费用，另2万交货时再付。这样，“埃克特－莫齐利电脑公司”开始两线作战：一边干“尤尼亚克”，另一头做“比尼亚克”。先交货的是“比尼亚克”。这台电脑实际上是由两台机器合成的。这一设计包括了一种新的思想：指令互校功能。以前的电脑一次性算完出结果，而“比尼亚克”则不同，同一数据，由两台机器分头运算，若结果相同，则继续运算下去，否则就停机检查。“比尼亚克”的运算精度大大提高，甚至可以说绝对无误。另外，它的内存是用水银延迟线做元件，每个单机电容器能存512个32位字长的字。
1949年夏天，“比尼亚克”正式交货，诺思鲁普飞机公司按约付讫另2万美元的费用，加起来共10万美元。但是，“比尼亚克”研制的总耗资超出预算，竟高达27．8万美元。“埃克特－莫齐利电脑公司”亏损17．8万美元。这真是一记晴空霹雳。那边的“尤尼亚克”已经亏损，硬着头皮在干。本以为这边的“比尼亚克”能盈利，填补亏空，不料反而亏得更大。时乖命蹇的“埃克特莫齐利电脑公司”危在旦夕。
埃克特和莫齐利使出浑身解数，这头沉下去只好去扒那一头，转向尚未完工的“尤尼亚克”。一方面，把“尤尼亚克”化整为零，把一些成型的分机先批量生产，寻找客户；同时，又“化零为整”，开始向一些大公司和政府部门推销整机，但效果都不大，分机只能小批量生产，客户也有限，事实上，分机的客户和整机的客户是一样多的，因而总共才卖了5家，略有盈利。而那些整机的客户也变精明了。以前复制机和母机的价格是一样的。后来他们明白母机建成后，依样画瓢作复制机，大量的人员成本费可以省下。一只母鸡可孵出一窝小鸡，用买母鸡的钱去买一只小鸡太冤了。于是他们拼命杀价，电脑公司几乎无利可图。
埃克特和莫齐利惨淡经营，终于苦撑不住，宣布破产，时为1950年初。
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